STAMI består av seks avdelinger, samt direktørens stab for styring og forskningsadministrasjon:
Stab for styring og forskningsadministrasjon
Arbeidsmedisin og epidemiologi (AME)
Arbeidspsykologi og -fysiologi (APF)Kjemisk og biologisk arbeidsmiljø (KBA)Nasjonal overvåkning av arbeidsmiljø og -helse (NOA)AdministrasjonKommunikasjon